畢業於東京大學宗教學系。自1987起任職於東大宗教學系，曾任日本宗教研究學會會長。1994至2013年間，在東京大學宗教研究所擔任教授。2013年以後擔任上智大學教授至今。島薗進教授長期關注當代日本宗教與文化現象發展，是相當重要且具有國際聲望的一位研究者，著作等身，主要有《現代救濟宗教論》（1992）、《奧姆真理教的軌跡》（1995）、《精神世界的去處》（1996）、《現代宗教的可能性：奧姆真理教與暴力》（1997）、《後現代時期的新宗教》（2001）、《「療癒知識」的系譜：科學與宗教之間》（2003）、《生命開端的生命倫理：受精卵、複製胚胎的製作與利用是被接受的嗎？》（2006）《國家神道與日本人》（2010）、《閱讀日本人的生死關：從明治武士道至「送行者」》（2012）、《被製造的輻射「安全」論：當科學誤入歧途》（2013）、《日本佛教的社會倫理》（2013）、《閱讀倫理良書：災後重新回顧生活方式的28本書》（2014）、《宗教、生命、國家：島薗進對談集》（2014）、《可以「製造」生命嗎？思考生命科學困境的哲學講義》（2016），及《用故事推開宗教之門》（2016）