國立臺灣大學學士與碩士、國立臺灣師範大學博士、美國哈佛大學博士，專攻歷史學。
曾任日本早稻田大學與京都大學客座教授及中華民國國史館館長，現任中央研究院近代史研究所研究員及國立臺灣師範大學歷史研究所教授。

學術研究領域涵蓋臺灣史、經濟史、亞太區域史與政治經濟思想史。著有專書《獵巫、叫魂與認同危機：臺灣定位新論》、China Upside Down: Currency, Society, and Ideologies, 1808-1856、《晚近史學與兩岸思維》、《臺灣海峽兩岸經濟交流史》（日文版）、《茶、糖、樟腦業與臺灣之社會經濟變遷，1860-1895》，及其他中英日韓文論文 80餘篇。在師大任教期間，已指導完成38本學位論文。