本書的主旨是研究概括崇禎至康熙近百年間，其中包括與順治朝並存的南明時代的明季士大夫的殉國情況，及明清之際士大夫對上述殉國者的意見和評價。而所謂「士大夫」則指一切已出仕和未出仕的讀書人，包括各級在任、停職及退休官員，以及取得進士銜而未授職的士人、其他具有科舉銜頭的士人、國子監和地方庠序的學生及一般布衣之士。
明季士大夫所面臨的是一連串的抉擇。他們最先必須選擇的，自然是生存或死亡，即殉國與否。明季士大夫殉國不始於明亡以後，因為明末在「流寇」和滿清交侵下，不少士大夫在城陷或被俘時，便要作出抉擇。殉國者固然一死百了，不殉國者隨即得面對反抗或不反抗的抉擇。不反抗者在新朝統治下，固須在出處之間作出取捨；而反抗者在失敗後也再次面臨生與死的抉擇。如果他們願在清朝統治下生活，又必須在出處之間作出最後的抉擇。由此可見明季士大夫面臨的抉擇是一個接一個的，而以生與死作為開端。當他們在生與死之間作出抉擇後，才產生出殉國、起義、歸隱甚或仕敵的取向。由這些取向，我們可以了解明清之際知識分子在忠孝思想和個人主義相互影響下，所表現的行為及道德標準，也可以窺見當時知識階層的心態，從而推想當時的社會及政治狀況。