臺灣雲林人，1958年生。臺灣大學歷史系學士，臺灣大學歷史研究所碩士，美國普林斯頓大學博士。中央研究院院士。曾任中央研究院副院長、歷史語言研究所所長，現為中央研究院歷史語言研究所特聘研究員。

研究領域以十五世紀以降到近代中國的思想、文化史為主，近年來將研究觸角延伸到中國的「新傳統時代」，包括宋代以下理學思想的政治意涵等問題。

著有《章太炎的思想》（臺北：時報出版公司，1985）、《古史辨運動的興起》（臺北：允晨文化出版公司，1987）、Fu Ssu-nien: A Life in Chinese History and Politics（Cambridge: Cambridge University Press, 2000）、中譯本《傅斯年：中國近代歷史與政治中的個體生命》（臺北：聯經出版公司，2013）、《中國近代思想與學術的系譜》（臺北：聯經出版公司，2003）、《晚明清初思想十論》（上海：復旦大學出版社，2004）、《近代中國的史家與史學》（香港：三聯書店香港有限公司，2008）；主編《中國近代思想的轉型時代：張灝院士七秩祝壽論文集》（臺北：聯經出版公司，2007）等書。